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译者序

序言

致谢

分子生物学实验技术目录

第Ⅰ部分 导论

第1章 分子生物学简史

1.1 传递遗传学

孟德尔的遗传定律

遗传的染色体理论

遗传重组和遗传定位

重组的物理学证据

1.2 分子遗传学

DNA的发现

基因和蛋白质之间的关系

基因的行为

1.3 生命的三个域

第2章 基因的分子特性

2.1 遗传物质的特性

细菌转化

多核苷酸的化学本质

2.2 DNA结构

实验背景

双螺旋

2.3 RNA基因

2.4 核酸的物理化学性质

DNA结构的多样性

不同大小和形状的DNA

第3章 基因功能简介

3.1 储存信息

基因表达的总体过程

蛋白质结构

蛋白质功能

信使RNA的发现

转录

翻译

3.2 复制

3.3 突变

镰状细胞贫血病

第Ⅱ部分 分子生物学方法

第4章 分子克隆方法

4.1 基因克隆

限制性内切核酸酶的作用

载体

用特异性探针鉴定目的克隆

cDNA克隆

cDNA末端快速扩增

4.2 聚合酶链反应

标准PCR

用反转录酶PCR进行cDNA克隆

实时定量PCR

4.3 表达克隆基因的方法

表达载体

其他真核载体

利用Ti质粒将基因导入植物

第5章 研究基因和基因活性的分子工具

5.1 分子的分离

凝胶电泳

双向凝胶电泳

离子交换层析

凝胶过滤层析

亲和层析

5.2 示踪标记

放射自显影

磷屏成像

液体闪烁计数器

非放射性示踪

5.3 核酸杂交的应用

Southern印迹：鉴定特异DNA片段

DNA指纹和DNA分型

DNA指纹和DNA分型在法医学中的应用

原位杂交：基因在染色体中的定位

免疫印迹（Western印迹）

5.4 DNA测序和物理图

Sanger链末端终止测序法

自动化DNA测序

高通量测序

限制图

5.5 基于克隆基因的蛋白质工程：定点诱变

5.6 图谱定位与转录物定量

Northern印迹

S1核酸酶作图

引物延伸法

截断转录和无G盒转录

5.7 测定体内转录速率

细胞核连缀转录

报告基因转录

测定体内蛋白质积累

5.8 分析DNA－蛋白质相互作用

滤膜结合

凝胶阻滞

DNA酶足迹

DMS足迹法和其他足迹法

染色质免疫沉淀（ChIP）

5.9 蛋白质－蛋白质相互作用研究

5.10 寻找与其他分子相互作用的RNA序列

SELEX

功能SELEX

5.11 基因敲除和转基因

基因敲除小鼠

转基因小鼠

第Ⅲ部分 原核生物的转录

第6章 细菌的转录机制

6.1 RNA聚合酶的结构

σ亚基是一种特异性因子

6.2 启动子

RNA聚合酶与启动子的结合

启动子结构

6.3 转录起始

σ因子促进转录起始

σ因子的再利用

σ循环的随机模型

启动子处DNA的局部解链

启动子清除

σ因子的结构和功能

α亚基在UP元件识别中的功能

6.4 延伸

核心酶在延伸过程中的作用

延伸复合体的结构

6.5 转录的终止

Rho非依赖型终止

Rho依赖型终止

第7章 操纵子：细菌转录的精细调控

7.1 lac操纵子

lac操纵子的负调控

操纵子的发现

阻遏物与操纵基因间的相互作用

阻遏机制

lac操纵子的正调控

CAP的作用机制

7.2 ara操纵子

ara操纵子的阻遏环

ara操纵子阻遏环的证据

araC的自主调节

7.3 trp操纵子

色氨酸在trp操纵子负调控中的作用

衰减作用对trp操纵子的调控

衰减作用的失效

7.4 核糖开关

第8章 细菌转录机制的主要转换模式

8.1 σ因子的转换

噬菌体感染

孢子形成

拥有多启动子的基因

其他σ因子的转换

抗σ因子

8.2 T7噬菌体所编码的RNA聚合酶

8.3 λ噬菌体对E.coli的感染

λ噬菌体的裂解繁殖

溶源态的建立

溶源期cI基因的自我调节

被λ噬菌体感染后寄主命运的决定：裂解或溶源

溶源菌的诱导

第9章 细菌中DNA－蛋白质的相互作用

9.1 λ阻遏物家族

利用定点突变探测结合的专一性

λ阻遏物－操纵基因相互作用的高分辨率分析

434噬菌体阻遏物－操纵基因相互作用的高分辨率分析

9.2 trp阻遏物

色氨酸的作用

9.3 对蛋白质－DNA相互作用的一般性认识

四个不同碱基对的氢键形成能力

多聚DNA结合蛋白的重要性

9.4 DNA结合蛋白：远程作用

Gal操纵子

重复的λ操纵基因

增强子

第Ⅳ部分 真核生物的转录

第10章 真核生物的RNA聚合酶及其启动子

10.1 真核生物RNA聚合酶的多种形式

三类细胞核聚合酶的分离

三类RNA聚合酶的作用

RNA聚合酶亚基结构

10.2 启动子

Ⅱ类启动子

Ⅰ类启动子

Ⅲ类启动子

10.3 增强子与沉默子

增强子

沉默子

第11章 真核生物中的通用转录因子

11.1 Ⅱ类因子

Ⅱ类预起始复合物

TFIID的结构和功能

TFIIB的结构和功能

TFIIH的结构和功能

中介物复合体和RNA聚合酶Ⅱ全酶

延伸因子

11.2 I类因子

核心结合因子

UPE结合因子

SL1的结构和功能

11.3 Ⅲ类因子

TFIIIA

TFIIIB和TFIIIC

TBP的作用

第12章 真核生物的转录激活因子

12.1 激活因子的类型

DNA结合域

转录激活域

12.2 激活因子DNA结合模体的结构

锌指结构

GAL4蛋白

细胞核受体

同源异型域

亮氨酸拉链和螺旋－环－螺旋域

12.3 激活因子各功能域的独立性

12.4 激活因子的功能

TFIID的募集作用

聚合酶全酶的募集

12.5 激活因子间的相互作用

二聚化作用

远程作用

转录工厂

复合增强子

结构转录因子

增强体

绝缘子

12.6 转录因子的调控

辅激活因子

激活因子的泛素化

激活因子的SUMO修饰

激活因子的乙酰化

信号转导途径

第13章 染色质结构及其对基因转录的影响

13.1 染色质结构

组蛋白

核小体

30nm纤丝

染色质折叠的更高级结构

13.2 染色质结构与基因活性

组蛋白对Ⅱ类基因转录的影响

核小体定位

组蛋白乙酰化

组蛋白去乙酰化

染色质重建

异染色质与沉默

核小体与转录的延伸

第Ⅴ部分 转录后加工

第14章 RNA加工I：剪接

14.1 断裂基因

有关断裂基因的证据

RNA剪接

……

第Ⅶ部分 DNA复制、重组和转座

第Ⅷ部分 基因组

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